Днешната базилика „Св. София” е разположена в центъра на главния некропол на античния град Сердика. Тази част е най-гъсто наситена с гробнични съоръжения от периода II в. преди Христос  – IV в. след Христос. Разкрити са гробници от всички видове – от цистови, изградени от грубо обработени каменни плочи, през индивидуални тухлени, покрити с каменни плочи и семейни засводени до куполни.

На това място през първата четвърт на IV в. е построена първата християнска църква в зоната на античния град Сердика. Това е била много скромна сграда, с площ около 25 м2, за която се предполага, че е била мартирион (място, където са погребани останките на мъченик за Христовата вяра).

В продължение на около 250 г. след построяването на първата църква това място живее много активно в култово отношение – пристроява се разширение на запад, в последствие те биват вградени в трета църква, вече трикорабна базилика, а още по-късно се изгражда четвърта църква, също трикорабна базилика. Всяка следваща църква е по-голяма от предишната.

Така се стига до края на VІ в., когато е изградена днешната базилика „Св. София“, посветена на Светата Премъдрост Божия. Тя представлява трикорабна кръстокуполна базилика, с уникална семантика, обемно-пространствено третиране и внушителен за времето си мащаб.

Цялото пространство под днешната базилика „Св. София” е археологически проучено, извършени са всички необходими консервационно-реставрационни дейности по разкритите археологически артефакти и е създадена възможност проучените и консервирани 56 гробници и останки от 4 предхождащи църкви, вкл. експонирани подови мозайки от първа и втора църкви, да бъдат разгледани.

По този начин посетителят ще има възможност да се запознае с почти 23-вековната историята на това място, намиращо се под обема на една активно функционираща християнска светиня, която е дала името на града ни.