Столичната зоологическа градина помага изчезнали видове животни да се върнат в природата. 15 елена лопатар и един благороден елен са предоставени от Зоопарка за проекта на Фонда за дивата флора и фауна и "Зелени Балкани" – „Светло бъдеще за черния лешояд“. Животните са освободени в Кресненския пролом и Котленска планина.

Една от стратегическите цели на Фонд за дивата флора и фауна, свързана с връщането на лешоядите в България, е подкрепа за дивеча и тревопасните животни (елени, сърни, диви кози). Техните популации са намалели драстично на места, вследствие на усилено бракониерство.

„Новата роля на модерните зоопаркове по света е да развъждат ценни, редки и застрашени видове животни, като приплодите се изпращат контролирано в естествената им среда, на места на които популацията е силно намаляла или видът направо е изчезнал“– казва Добромир Бориславов, директор на Столичния зоопарк – и допълва, че такива програми има за снежните леопарди, лешояди, ягуари, тигри, гибони, папагали и др.

Зоологическата градина в София участва активно в спасяване на редки видове животни. През последните години неколкократно бяха освобождавани в природата забулени сови и египетски лешояди, излюпени и отгледани в Зоопарка.